Entra no final do século XXVI, onde a Terra é uma sombra do que já foi, recuperando-se de uma explosão catastrófica que dizimou a sua população e tornou grande parte da superfície inabitável. Os remanescentes da humanidade dividiram-se em quatro ideologias distintas, conhecidas como Caminhos: Harmonia, Dominância, Progresso e Salvação. Embora coexistam numa paz frágil, estas fações permanecem em grande parte isoladas umas das outras, comunicando apenas na última cidade sobrevivente, simplesmente referida como a Capital.
Cada Caminho aproveita o poder das misteriosas Fendas Temporais que surgiram após o desastre, permitindo-lhes revisitar momentos cruciais do seu passado. Porém, enquanto esta manipulação do tempo pode impulsionar significativamente o seu avanço, representa um risco para a integridade do continuum espaço-tempo. A urgência do progresso é sublinhada por um aviso aterrador das Fendas Temporais: um asteroide enriquecido com uma estranha substância chamada Neutronium está a caminho da Terra, com uma assinatura energética reminiscente da histórica explosão.
Anachrony introduz um emocionante sistema de colocação de trabalhadores em dois níveis. Para viajar até à Capital ou vasculhar zonas devastadas em busca de recursos urgentemente necessários, os jogadores devem recrutar vários especialistas — incluindo Engenheiros, Cientistas, Administradores e Génios — juntamente com Exotrajes que fortalecem e aprimoram estes especialistas, ambos escassos.
O jogo decorre ao longo de 4-7 rondas, dependendo de quando o cataclismo iminente acontece — ou se pode ser evitado! Cada ronda é acompanhada numa linha temporal dinâmica. Ao ativar as Fendas Temporais, os jogadores podem enviar recursos de volta para as suas versões passadas. Cada Caminho tem objetivos únicos que, quando alcançados, concedem pontos de vitória significativos. Enquanto os assentamentos dos Caminhos podem suportar o impacto do asteroide, a Capital não sobreviverá. No final, o Caminho que acumular mais pontos reivindicará o título de nova força dominante no planeta e assegurará o seu lugar na Capital.
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